Wolna encyklopedia
Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów biologii.
Spis treści |
Podstawowe zagadnienia bioinformatyki:
- katalogowanie informacji biologicznych (bazy danych, bazy danych sekwencji i wyszukiwanie sekwencji, anotacji, danych numerycznych w bazach danych)
- analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, anotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych i repetytywnych, motywów, markerów)
- analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
- ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne)
- genotypowane (używane między innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, kryminalistyce)
- analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy)
- analiza sekwencji białek, nazywana też proteomiką (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen i motywów, przewidywanie własności fizyko-chemicznych, drugo- i trzecio-rzędowej struktury białka, lokalizacji w obrębie komórki, analiza danych z eksperymentow spektroskopwych)
- katagolowanie funkcji genów/białek, analiza dróg metabolicznych (np metabolizm lipidów) oraz dróg sygnałowych (np od receptora na powierzchni komórki poprzez kaskadę kinaz do czynników transkrypcyjnych)
- modelowanie układów biologicznych (np kinetyka szeregu reakcji enzymatycznych w komórce)
- wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) - np. używajac trójwymiarowej struktury aktywnego centrum enzymu ("zamek" albo "kieszonka" ang. pocket) przeszukuje się w komputerze tysiace małych cząsteczek z których kilka-kilkanaście ('kluczy') będzie miało kształt mieszczacy się w centrum aktywnym. Pierwszy krok w kierunku odkrywania nowych leków.
- komputery DNA
- morfometria / analiza obrazu
Zobacz też
przegląd zagadnień z zakresu biologii
Studia w Polsce
Studia na specjalności Bioinformatyka zostały uruchomione:
- od roku akademickiego 2003/2004 na studiach dwustopniowych na Wydziale Biologii Uniwersytu im. A. Mickiewicza w Poznaniu
- od roku akademickiego 2007/2008 (jako specjalność do wyboru) na studiach magisterskich w Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego i na wydziale Automatyki,Elektroniki i Informatyki Politechniki Sląskiej ( studia inżynierskie)
- od roku akademickiego 2008/2009 na studiach dwustopniowych na Wydziale Przyrodniczo-technicznym Uniwersytetu Opolskiego.
Linki zewnętrzne
- Wikiomics bioinformatyczne wiki (ang.)
Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego i]]]